Родился в 1912 г. в с. Саумалколь Айыртауского района Северо-Казахстанской области. Русский. Окончил неполную среднюю школу. Работал на строительстве в Донбассе. В Военно- Морском флоте с 1931 г. Окончил Ейское военно-морское авиационное училище.
В боях Великой Отечественной войны с августа 1942. Штурман 9-го гвардейского минно-торпедного авиационного полка (5-я минно-торпедная авиационная дивизия, ВВС Северного флота) гвардии майор Скнаев совершил 133 боевых вылета, провел 18 торпедных атак, потопил 3 транспорта и шхуну противника. 16 октября 1944 погиб при выполнении боевого задания в составе экипажа подполковника Б.Н. Сыромятникова. Звание Героя Советского Союза присвоено 5 ноября 1944 года посмертно.
Гвардии майор (12.04.1944). Награждён орденом Ленина (5.11.1944, посмертно), двумя орденами Красного Знамени (3.09.1943, 26.06.1944), орденом Отечественной войны 1-й степени (5.04.1944), медалью «За боевые заслуги» (3.11.1944).
Бюст А.И. Скнарёва, в числе 53-х лётчиков-североморцев, удостоенных звания Героя Советского Союза, установлен на Аллее героев-авиаторов Северного флота, открытой 29 октября 1968 года на улице Преображенского в посёлке Сафоново ЗАТО город Североморск Мурманской области (автор Э.И. Китайчук). Именем Героя названа улица в селе Володарское. Фамилия Скнарёва А.И. выбита на каменных плитах мемориала в числе 898 фамилий тех, чьих могил нет на земле, — в память лётчиков, штурманов, стрелков-радистов ВВС Краснознамённого Северного флота погибших в море в 1941 — 1945 годах, открытого 17 августа 1986 года на берегу Кольского залива в посёлке Сафоново (скульптор Э.И. Китайчук, архитектор В.В. Алексеев). Его именем названа улица в селе Саумалколь.